Chomiki posiadają 16 zębów. 2 siekacze i 6 trzonowców rozstawione na dole i na górze. Siekacze nie posiadają korzenia, dlatego rosną przez całe życie chomika. Zwierzę może je ścierać, jedząc twardy pokarm. Tuż przy obu stronach warg znajdują się pojemne torby policzkowe. Są tak duże, że po napełnieniu przekraczają podwojony obwód głowy. Służą do transportu pożywienia. Zwierzę opróżnia je pocierając je przednimi kończynami. Żołądek chomika składa się z dwóch komór. W pierwszej komorze następuje wstępne trawienie, natomiast w głównej komorze pokarm przechodzi ostateczne trawienie.